OxCal ファイルフォーマット

OxCalプログラムでは，様々な形式のファイルを使用します。データ入力に対しては，

このファイルにはOxCalで作成した解析モデルのコマンドが含まれています。本マニュアル，分析の章では，入力ファイルにあるすべてに付いて解説してあります。コマンドリファレンスには，使用できるコマンドがリストになっています。

このファイルは，テキストファイルであり他のプログラムで編集したり書き換えたりすることが可能です。ファイルの最小サイズは256kbからで，最大で8000個のデータを扱うことができます。

このファイルは，OxCalプログラムを実行させることができ，コマンドラインを印刷することもできます。

このファイルには，較正曲線のデータが含まれています。これまでに較正曲線が様々なファイルフォーマットにで報告されていることから，OxCalは様々なファイル形式に対応していますが，実質的な実行フォーマットは，3行に分割されているカラムフォーマットになります。

これに加えて，コメントを加えることも可能です。コメントの先頭には，#あるいは!から書き始めてください。リファレンスを書き加える場合は，##あるいは"ではじめて記載してください。以下に，較正曲線ファイルの記入例を挙げました。

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The other main formats accepted by the program are those for the various IntCal and bomb curve files. The IntCal04 format (common to SHCal04 and Marine04). These files are of this form:

##IntCal04 atmospheric curve (Reimer et al 2004)
# Reimer et al. 2004
# 
# PJ Reimer, MGL Baillie, E Bard, A Bayliss, JW Beck, C Bertrand, PG Blackwell, 
#   CE Buck, G Burr, KB Cutler, PE Damon, RL Edwards, RG Fairbanks, M Friedrich,
#   TP Guilderson, KA Hughen, B Kromer, FG McCormac, S Manning, C Bronk Ramsey, 
#   RW Reimer, S Remmele, JR Southon, M Stuiver, S Talamo, FW Taylor, 
#   J van der Plicht, and CE Weyhenmeyer (2004), Radiocarbon 46:1029-1058.
#
#CAL BP, 14C age,Error,Delta 14C,Sigma
#      , YR BP  ,YR BP,per mil  ,per mil
26000,  21341.0, 108.0, 629.9, 21.9
25980,  21348.0, 103.0, 624.5, 20.8
25960,  21354.0,  98.0, 619.4, 19.8
25940,  21360.0,  93.0, 614.3, 18.7
25920,  21366.0,  88.0, 609.2, 17.6
25900,  21371.0,  83.0, 604.3, 16.6

The comma delimited form like this is assumed to imply that the time-scale is based on cal BP, which in turn is assumed to be numbers of years back from mid AD 1950.

Previous calibration curves used a five column format as in:

!!
!!  1998 Atmospheric delta 14C and radiocarbon ages from:
!!
!!  M. Stuiver, P. J. Reimer, E. Bard, J. W. Beck, G. S. Burr,
!!  K. A. Hughen, B. Kromer, F. G. McCormac, J. v. d. Plicht 
!!  and M. Spurk. INTCAL98 Radiocarbon Age Calibration, 24,000-0
!!  cal BP. Radiocarbon 40, 1041-1083 (1998).  
"IntCal98 atmospheric curve (Stuiver et al 1998)
!!  modified by the inclusion of the above line
!!  by Bronk Ramsey July 1999
!!  distributed with permission
!!
!!
!!
!! YR AD/BC  Delta 14C  Sigma    14C age   Error
!!            per mil  per mil    YR BP     YR
   -22050      462.8    63.7     20265.1   349.7
   -21050      444.2    57.0     19396.1   316.9
   -20050      425.9    52.0     18527.1   293.1
   -19050      407.8    49.1     17658.1   280.3
   -18050      389.9    47.1     16789.1   272.3
   -17050      372.2    43.9     15920.1   257.2

Where the string "BC" is found in the header as in this case, negative numbers are assumed to be BC years (with no year zero). A similar format has been used for the bomb calibration data as in:

##Post-bomb atmospheric NH1 curve  (Hua and Barbetti 2004)  
#Year   D14C    1sigma  F14C    1sigma
1955.5  21.1    6.3 1.0218  0.0063
1956.5  37.9    14.7    1.0387  0.0147
1957.5  100.7   16.2    1.1017  0.0163
1958.5  167.2   4.8 1.1684  0.0048
1959.12 180.5   7.5 1.1818  0.0075
1959.2  196 4.9 1.1973  0.005

In such cases the "F14C" string is detected in the header text and the measurements treated as F14C rather than BP. The same can be done with the three column format.

Formats can also be mixed - as for example with the bomb curves which have been prefixed with the IntCal04 data for the last 300 years.

事後確率ファイル [.prior]

事後確率ファイルは，Prior()コマンドを使用した場合に出力されます。このファイルには，2行のカラムにデータがまとめられています。

ここには，使用前の保存木材における年数を確率で表した例を挙げています（Miles 2005）。先頭ら2行目までは確率は0であることに注意してください。以下の例には有りませんが，最後の行についても同様です。

出力ユーティリティの生データ表示も，ここで示した例と同様の形式で分布結果を示します。これらの分布をコピーしたりペーストして利用することができます。

出力ファイル [.js]

OxCalプログラムから出力された主な情報が含まれます。フォーマットは，EXMASスクリプトあるいはJavascript形式であり，二つのデータから構成しています。

このファイルは，基本的にOxCal出力ユーティリティで使用されます。ここから直接データを扱いたい場合には，よく精読し，ファイル構造を理解した上で使用してください。

ログファイル [.log]

タブ区切りファイル [.txt]

タブ区切り形式の各ラベルおよび年代幅が格納されたテキストファイルです。このファイルは，スプレッドシートやデータベースへデータを移行するために用意されています。

進行状況ファイル [.work]

このファイルは，解析が実行中の間作成されます。このファイルには，解析がどのくらい進行したかを表示するためのECMAScriptのコマンドラインが格納されています。これは，解析が終了すると自動的に削除されます。

解析の途中にこのファイルを削除してしまっても，適当な間隔で自動的に再度作成されます。進行状況ファイルは，同じ入力ファイルを繰り返し実行することでも削除することができます。

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